Fairmont Mayakoba cuenta con cinco piscinas:
La piscina en la isla:
una piscina de forma libre de 10,000 pies cuadrados, que cuenta con el exclusivo bar Aqua.
La piscina infantil:
con un fantástico tobogán acuático frente al Kids Club.
La piscina Infinita:
una piscina solo para adultos con vista a los canales de agua y al manglar. Ubicada cerca del restaurante La Laguna en la isla.
La piscina frente a la playa:
la segunda piscina Infinita está ubicada con vista al mar cerca del restaurante Brisas.
La piscina Bambú:
la quinta piscina está ubicada cerca del edificio Bambú, entre el lobby principal y la isla.